Im Rahmen des Kohlenhydrat- Überlastungssyndroms entwickelt sich fast immer eine Fettstoffwechselstörung. Diese Fettstoffwechselstörung wird aber oftmals nicht verstanden, deswegen auch falsch mit einer fettarmen Ernährung behandelt. Durch die Aufnahme großer Mengen von Kohlenhydraten gelangen diese vom Darm über die Pfortader zuerst in die Leber. Dort werden sie abgefangen und zwischengespeichert, teilweise in Form von Glykogen, zum anderen Teil produziert die Leber in Minutenschnelle Triglyzeride und Cholesterin. Diese Fette werden sowohl direkt in der Leber abgespeichert (Fettleber) als auch ins Blut abgegeben, was auch bei Blutentnahmen üblicherweise festgestellt werden kann. Die Kapazität der Leber (und auch des Fettgewebes), aus Kohlenhydraten diese Fette herzustellen, ist enorm. Die Anreicherung des Blutes mit Triglyzeriden und Cholesterin ist in aller Regel Folge einer Aufnahme großer Mengen an Kohlenhydraten. Die immensen Mengen an fetthaltigen Nahrungsmitteln, die ausreichen würden, um einen solchen Anstieg der Blutfette sowie auch eine Fettleber zu verursachen, können die allermeisten Menschen gar nicht herunterschlucken. Die Beobachtung ist vielmehr genau umgekehrt: wenn man sich ketogen ernährt und viel fettes Fleisch, Speck, Schweinshaxn und Eier zu sich nimmt, normalisieren sich die Blutfette vollständig und die Fettleber verschwindet ebenfalls komplett. Die Leber sieht auch im Ultraschall nach so einer Ernährungsumstellung wieder völlig normal aus. Selbst eine Fettleber-Entzündung (Fachausdruck nicht-alkoholische Steatohepatitis, oft nur abgekürzt NASH) klingt vollständig ab.