Die Unverträglichkeit von Weizenkleber (Gluten), auch Zöliakie genannt, ist zwar keine Folge der kohlenhydratreichen Fehlernährung. Da aber Getreide in einer ketogenen Ernährung ungeeignet sind und Gluten nur in Getreide vorkommt, ist die (getreidefreie) ketogene Ernährung mit der Ernährung bei Zöliakie kompatibel. Umgekehrt ist die Ernährung bei Zöliakie nicht immer mit der ketogenen Ernährung kompatibel, da bei der Zöliakie nicht alle Kohlenhydrate vermieden werden müssen, sondern nur diejenigen aus Getreide.